Discovery Studio是一个专业的化学实验软件,用户可以通过它创建分子模型,以便更好地分析,可视化复杂的化学数据,导入数据为您生成相关模型。
功能介绍
一、基本界面和显示模块
1 、Discovery独立工作室
可视化界面是使用Discovery破解版Studio 软件进行分子设计和仿真的基础,支持服务器和客户端安装在同一台机器上的运行模式。结合Pipeline Pilot Server,提供化学/生物数据展示、模拟/分析、三维分子构建、动态变化展示、三维映射等诸多功能。
2 、Discovery Studio可视化工具客户端
它是服务器-客户端运行模式下客户端的可视化界面,用于访问和使用服务器的软件。它必须与服务器端配置的Pipeline Pilot服务器协同工作,为用户提供无与伦比的数据、工作流和计算资源共享。
二、蛋白质模拟模块
1、DS建模器
只要将未知的结构序列与另一个已知的三维结构蛋白质进行比较,就可以利用工业标准的快速同源性建模方法,自动快速生成优化的蛋白质同源性模型。MODELER是目标发现和蛋白质家族功能结构分析的理想解决方案。MODELER还可以模拟蛋白质突变,模拟环区并基于结构进行比较,构建配体结合的蛋白质结构模型。结合序列分析模块,可以自动完成抗体的环区建模。结合软件模拟的功能模块和基于结构的药物设计,MODELER还可以用来进一步研究蛋白质结构和功能之间的关系。
2、DS蛋白精制
利用CHARMm优化建模蛋白质的侧链和环区域,提高蛋白质模型的准确性。
3、DS蛋白质健康
蛋白质中三维结构合理性的评价工具。蛋白质健康模块使用Profiles 3D方法,将三维结构的结构环境与特定氨基酸残基的优先外部环境进行比较,以获得相关结构性质与氨基酸序列信息之间的关系。通过对蛋白质健康模块的分析,用户可以方便快捷地发现蛋白质结构中不合理的地方。
4、DS蛋白家族
通过分析某个蛋白质家族的蛋白质序列的保守模式以及保守残基在三维结构中的位置,可以更好地在分子水平上理解蛋白质功能机制。蛋白质家族简单易用的流程也可以引导用户一步步分析,从蛋白质家族的序列或结构比较到进化痕迹分析。进化痕迹分析包括用层次聚类的方法建立蛋白质家族系统的树形图,并在你的三维结构上画出这些功能标注信息。序列比对时,允许根据需要对结果添加约束,以提高活性位点关键残基的比对效果。
5、DS序列分析
通过与功能已知的其他蛋白质的序列进行比较,是鉴定蛋白质生物功能的第一步。序列分析还允许用户通过通用BLAST和PSI-BLAST算法搜索本地数据库或NCBI在线数据库,以确定蛋白质序列的同源区域。结果以交互报告格式显示,以供进一步分析和在其他Discovery cracked studio模块中使用。当使用Blast搜索PDB或PDB nr95数据库时,结果文件可以显示输出蛋白质的SCOP ID、配体ID和X射线分辨率。
施用方式
1.双击打开软件,如下图所示。
2.输入软件,将显示许多示例文件。可以点击蛋白质结构第一个蛋白质结构查看。
3.如图,这里是protein的编辑风格。如果需要自己设计,可以从化学界面找型号。
4.单击多序列比对功能比较多个序列。
5.要提示一些关于DNA的子项目,可以点击DNA-单链查看链接,也可以查看不同的分子风格。
6.点击化学查看软件的化学结构,分析立体化学模型。
更新日志
1.新的数据库有化学结构复制的方案。
2.分子方程式的可变数据可以从数据库中找到。
3.也可以自己把实验结果做成研究模板。
4.它还可以针对不同类型的化学元素进行添加。
5.支持使用电解质方程插入到模型中。
6.支持向化学分析结果添加注释信息。
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